Frikirkens første menighet ble stiftet i Moss i 1877. Deretter fulgte menighetene i Horten, Arendal, Risør, Fredrikshald (Halden) og Kristiania (Oslo).Moss Frikirke ble dannet da det oppstod interne problemer i Den frie Indremission. Indremissionen var en sterk forening med ca. 300 medlemmer. Et vedtak ved en ekstraordinær generalforsamling ga støtet til at 18 relativt unge menn og kvinner den 12. september 1876 gikk opp til sognepresten og ba om utmeldelsesattest. Vår menighet ble dannet 6. mai 1877 med et medlemstall på 27 voksne. Med disse fulgte også 21 barn. Paul Peter Wettergreen, som hadde nedlagt sitt embete som prest i statskirken, ledet ordinasjonshandlingen da sogndølingen Herman Hundere ble innsatt som pastor. Med ham gikk også menighetens første eldstebrødre inn i sin tjeneste. Blant disse var Aug. Thoring. Menigheten ble anmeldt til øvrigheten som en evangelisk luthersk frimenighet med forstander autorisert etter dissenterloven, og ble med dette den første menigheten som er forfatningsmessig organisert i vår nåværende Frikirke.
Dannelsen skjedde i en dansesal ved Kanalen, den såkalte Eskelundsalen. Dette ble menighetens første tilholdssted, og dansingen opphørte. En periode holdt menigheten til i Maxegården i Storgaten, men i 1880 kjøpte menigheten lokalet til Den frie Indremission i Dronningensgate 16. Dette var vårt kirkehus helt til vi flyttet inn i nytt bygg på Bjerget i 1987.
Våre pastorer:
1877-1886 Herman Hundere
1887-1892 Ole Knutsen Heimdal
1905-1916 M. A. Stubberud
1918-1935 Erik Aandahl
1935-1941 Olav Vatne
1944-1954 Einar Smedsrud
1954-1960 Olav Vatne
1960-1964 Alf J. Andersen
1964-1970 Ivar Clausen
1972-1981 Reidulf Hanssen
1981-1982 Bernt H. G. Søgnen
1984-1990 Nils Thorbjørn Myhren
1990-2012 Leif Gunnar Sandvand
2012- Petter Lande Johansen